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TOTAL 7

  • Q

    샘플 준비 시 필요한 양은 얼마인가요?

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    A

    최소 100ug (1ug/uL 이상의 농도) 이상이 필요하며, 샘플의 양과 상태에 대해서는 반드시 사전 상담이 필요합니다.

  • Q

    샘플은 어떻게 전달하면 되나요?

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    A

    Cell, Cell media, Tissue, Serum/Plasma는 스티로폼 박스에 드라이아이스를 동봉하여 발송해 주시면 됩니다. 

    Gel의 경우 포장 후 아이스팩을 동봉하여 발송해 주셔야 합니다.

  • Q

    단백질의 양에 대한 QC는 어떻게 진행되나요?

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    A

    샘플을 lysis한 후, BCA assay를 이용하여 측정하고, digestion 후 peptide 상태에서도 측정합니다.

  • Q

    샘플 준비(Sample Preparation)는 고객이 진행하나요?

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    A

    일반적으로 아래 표와 같은 시료를 보내주시면, 베르티스 PASS 센터에서 질량분석에 맞는 형태로 전처리를 진행합니다.


     시료 유형

    필요량 

     보관형태

    비고 

    Cell

     1x106 cells

    -20℃, -70℃

    Cell pellet 상태로 준비

    (Lysate 형태이면 상담 필요)

    Cell media

     20ml 이상

    -20℃, -70℃ 

    농축 과정 필요 (FBS Free)

     Tissue

     20mg 이상

    -20℃, -70℃

    수득률 → 약 3 - 5%

     Serum/Plasma

    100ml 이상 

     -20℃, -70℃ 

    Depletion 필요 시 추가 금액 발생

     Gel

     CBB, Silver staining

     냉장

    Gel이 마르거나 얼지 않게 준비

     Exosome

     1x1011 particles

    -70℃ 

    Buffer volume 확인

     IP sample

     Elute 15ug 이상

     -70℃  

    Elution buffer 조성 확인
     

  • Q

    LC-MS/MS 분석은 어떻게 진행되나요?

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    A

    Profiling을 기준으로 아래 프로세스로 진행됩니다.


    ❶ Lysis : Urea, Guanidine을 이용하여 단백질을 denaturation

    ❷ Reduction & Alkylation: DTT (reduction), IAA (alkylation) 사용

    ❸ Digestion : Trypsin, LysC 사용

    ❹ Labeling & fractionation (상대 정량시)

       : TMT labeling 후 complexity 감소를 위하여 fractionation (12 or 24 fractions)

    ❺ LC-MS/MS analysis : 120 min/1 run

    ❻ Data analysis

     Thermo Scientific

    Orbitrap Exploris 480 

    & Orbitrap Astral

     Thermo Scientific

    HF-X

     Sciex

    Triple Quad 6500+

    Thermo Scientific

    Orbitrap Astral

    & Brucker

    timsTOF

    Profiling, TPD, Exosome

     Interactome, HCP, PRM, Lipidomics

     Targeted Proteomics

     Single-Cell 

    Proteomics

  • Q

    어떤 결과들이 제공되나요?

    아이콘 아이콘

    A

    실험 목적에 맞게 아래의 정보들이 제공되며, 이 외 추가로 필요한 정보들은 사전 상담을 통해 논의 가능합니다.


    ❶ 단백질 정성 또는 정량 정보가 포함되어 있는 matrix (excel 파일) 

    ❷ 샘플 정보, 실험 방법 및 결과 보고서 (word 또는 pdf 파일)

    ❸ 데이터 보고서 (html 파일)

    ❹ MS raw file, search results 및 database (논문용, 클라우드 download)

  • Q

    얼마나 걸리나요?

    아이콘 아이콘

    A

    - 기본 분석 (deep profilig)을 기준으로 시료 수령 후 8주 이내가 소요됩니다.

    - 전처리 (depletion, PTM enrichment) 등의 추가 서비스는 2주 정도 더 소요됩니다.

    - MRM/PRM 분석의 peptide 합성은 외주를 통해서 진행되며 약 4주가 더 소요됩니다.

    - PASS 센터는 분석 결과를 더 빠르게 전달하기 위하여 최선의 노력을 하고 있습니다.